在国家部委层面，包括农贸市场在内的商品交易市场的行业主管部门是商务部。理由如下：一是规定市场监管部门（原工商部门）作为商品交易市场主管部门的《城乡集市贸易管理办法》（1983年出台）已经废止，无其他法律、行政法规规定市场监管部门为主管部门；二是商务部“三定”方案主要职责有明确表述：“(三)拟订国内贸易发展规划，促进城乡市场发展，研究提出引导国内外资金投向市场体系建设的政策，指导大宗产品批发市场规划和城市商业网点规划、商业体系建设工作，推进农村市场体系建设，组织实施农村现代流通网络工程。”商务部内设机构职责亦有明确表述：“组织拟订健全规范市场体系的政策；推进流通标准化；牵头组织规范零售企业促销行为；指导大宗产品批发市场规划和城市商业网点规划、商业体系建设；推进农村市场和农产品流通体系建设；按有关规定对拍卖、典当、租赁、汽车流通和旧货流通行业等进行监督管理。”在地方政府部门层面，一些地方性法规、部门“三定”方案等对农贸市场的行业主管部门作了明确。